Após a instalação, o Kaspersky Endpoint Security adiciona um certificado da Kaspersky ao armazenamento do sistema para certificados fiáveis (loja de certificados Windows). O Kaspersky Endpoint Security utiliza este certificado para verificar ligações encriptadas. O Kaspersky Endpoint Security inclui também a utilização do armazenamento do sistema de certificados fiáveis no Firefox e Thunderbird para verificar o tráfego dessas aplicações.
Os componentes Controlo de Internet, Proteção contra ameaças de correio, Proteção contra ameaças da Web podem desencriptar e verificar o tráfego de rede transmitido através de ligações encriptadas que utilizam os seguintes protocolos: